Johann Jakob Meyer nait en 1787 à Meilen dans le canton de Zürich, avant dernier de sept enfants d'une famille bourgeoise.
Son père, Leonhard Meyer, est fabricant de soie et administrateur financier.
Sa mère, Anna Wunderli, reprend les affaires familiales après la disparition de son mari.

Johann Jakob Meyer débute à 14 ans un apprentissage auprès du paysagiste Heinrich Füssli à Zurich, il apprend aussi la gravure, eau-forte et aquatinte, avec Franz Hegi.
Deux ans plus tard il expose pour la première fois un dessin au fusain à l'exposition annuelle de Zürich.

Il parcourt toute la Suisse, le plus souvent à pied, et consigne ses impressions dans des croquis.

Vers 1812‑1813, il travaille pour Ostervald à Neuchâtel et séjourne chez la famille de peintres Lory.
En 1817, il s’installe à Zurich avec sa femme Anna Susanna Nievergelt, sa mère et sa sœur, dans le quartier de Hottingen. Il y ouvre son atelier.
Ses proches l’assistent pour les gravures et les coloris.

Il produit des vues du Plateau et des Alpes suisses qui servent de modèle pour des estampes.

En 1820, le prince héritier Frédéric‑Guillaume de Prusse, lui commande des tableaux de l’Eiger, du Wetterhorn et du Wellhorn.

En 1823‑1829, il réalise plusieurs albums illustrés (eau-forte & aquatinte) accompagnés de textes de Johann Gottfried Ebel : 19 vues des grisons 8 x 12 cm en 1925, paysages du canton des Grisons en 1827 (Vallée du Rhin, du Rhin supérieur, col du San Bernardino , 32 vues à l’aquatinte), routes du Stelvio en 1831 (Malerische Reise auf der neuen Kunststrasse über das Stilfserjoch, 36 aquatintes aquarellées)

En 1839, il voyage en Allemagne. Frédéric‑Guillaume III à Potsdam lui achète deux tableaux.

De 1842 à 1845, il séjourne à Saint‑Pétersbourg, où il réalise 22 planches des palais et jardins de Nicolas Ier.

Il retoune à Zurich en 1846 via la Suède et le Danemark, il y enseigne le dessin de paysage

En 1851, il séjourne à Vienne, puis se rend à Budapest avant de revenir définitivement à Zurich.

Il décède le 3 décembre 1858 dans une relative solitude, après avoir perdu son épouse en 1849 et trois de ses quatre enfants. Son dernier fils survivant, Jacques, disparaîtra plus tard aux États-Unis.